L’abbaye a été fondée au printemps 1098, par saint Robert, venu de Molesme avec 21 moines qui souhaitaient revenir à une application plus stricte de la règle de saint Benoît à laquelle s’est opposée une faible majorité de la communauté monastique. Les religieux plantèrent leur croix dans la plaine dijonnaise en un lieu cédé par le Vicomte de Beaune et appelé « Cistels » par référence aux roseaux qui poussaient en abondance dans un milieu humide, peu propice à l’habitation. Le «Novum monasterium » prendra peu de temps après, le nom de Cîteaux par référence à ce végétal.
Le Nouveau monastère s’implantera d’abord au lieu-dit « La Forgeotte », lieu ne paraissant pas adapté, puisqu’il sera transféré un an plus tard, en 1099, là où il existe actuellement.
Les débuts de la nouvelle fondation furent extrêmement difficiles. Le synode de Port d’Anselle, de juin 1099, réuni à l’instigation du pape Urbain II, intimera à Robert, l’ordre de retourner à Molesme. Ce retour accepté par Robert, accompagné d’une partie de ses moines, mettra en péril l’existence même du Nouveau monastère.
Albéric ou Aubry, moine venu lui aussi de Molesme, deviendra le second abbé. A son décès en 1109, il sera remplacé par Etienne Harding, moine d’origine anglaise, plus pragmatique que son prédécesseur. De son temps, l’abbaye connaîtra un grand développement, facilité par l’arrivée à Citeaux au printemps 1113 de saint Bernard avec trente de ses compagnons.
On doit à l’abbé Etienne, la « Charte de Charité » (Carta caritatis), cette admirable constitution de l’ordre cistercien, qui régit notamment les rapports entre les maisons de l’ordre. Ce document important, sans doute entrepris dès 1114, sera approuvé par le pape Calixte II, lors de son passage à Saulieu en 1119 alors qu’il revenait du concile de Reims. (Bulle Ad hoc in apostolici du 23 décembre 1119).
Atteint de cécité, il résignera ses fonctions à l’automne 1133. Il décédera le 28 mars de l’année suivante. Etienne Harding sera canonisé par le pape Urbain VIII, le 16 juillet 1628.